Bom dia, Arthur, tudo bem?

Então cara, passei 23 dias por lá, e digo que tem muita coisa legal pra fazer nesses 15 dias.

Primeira coisa que eu recomendo: Japan Rail Pass

É um passaporte de trem que você usa à vontade pra qualquer lugar do Japão, inclusive trens bala, sem gastar a mais. Eu paguei no de 7 dias R$ 790,00. Existe de 15 e de 21 dias também, e pelo valor das passagens individuais vale a pena. (Lembrando que alguns metrôs de Tokyo não são inclusos).

Outra dica é que o google maps funciona muito bem no transporte público, fala a estação que tem que entrar e descer perfeitamente. 

Quanto a roteiros, vou te indicar o que fiz:

- Tokyo: Bairros de Shinjuku , Akihabara , Shibuya e Ueno você deve ir, pois são tradicionais e muito típicos. Monumentos, construções, eletrônicos e vídeo games e compras de artigos japoneses típicos você encontra nesses lugares.

- Monte Fuji : Recomendo a subida sim! Apesar de você estar vindo de uma maratona hahaha. Existem muitas trilhas, eu fui pela amarela, Yoshida Trail, partindo da cidade de Yamanashi, bem próximo à Tokyo. Mas, não subestime o vulcão, leve roupas de frio, comida e água e compre aquelas estacas de apoio, lá vende uns de madeira que você pode ir gravando nas estações. Apesar de cansativo, é uma experiência pra toda vida.

- Hiroshima : Não tem como pular essa parte, a cidade mais sensitiva que já vi, pelos monumentos e lembranças que guardam daquele dia, emocionante e muito bonita.

- Miyajima : Uma ilha próxima à Hiroshima, lá é possível ver o Portal Flutuante e diversas construções de mais de 1500 anos!!

Além desses, muitos amigos foram para Osaka e Kyoto Prefecture  e recomendam demais.

Fica aqui minha recomendação de boa viagem e qualquer coisa estamos aí!

Abração.