Apesar da pergunta ser velha, to vendo que essa semana tem muita gente vendo as respostas....kkkk

Vamos lá entao.....

Machu Picchu pueblo está mais baixo que Cusco 
, se vc ficar uns dias em Cusco 
antes, certamente não terá problemas...

Mas mudamos o problema parCusco 
. Bom quando cheguei na cidade tambem senti a altitude o que ajudou muito foi o famoso chá de coca, se voce gosta de chá, isso vai ajudar muito, peça sempre que chegar no hotel/hostel. Num passeio nos arredores de Cusco me ofereceram hortelã para cheirar, tambem acho que ajudou...

Mas não se preocupe, isso não vai durar mais que 1 ou 2 dias, se voce não abusar do fisico, nem vai fazer diferença....

Se quiser ler um relato que fiz sobre Cusco, da uma olhada aqui:

http://historiaeviagem.blogspot.com.br/search/label/Peru 

abraços